Moodustati läti-vene kogudusele, samal ajal kui eesti kogudus jätkas Nikolai kirikus. 1913 liitus Tartu preestermärter Issidori kogudusega Nikolai kiriku mahapõlemise järel ka eestikeelne kogudus-ametlikult 1923, kui kirik sai peakiriku staatuse.

1990 algul kogudus lõhenes ja Moskva patriarhaadile truuks jäänud venekeelne koguduseosa lahkus ning ehitas oma pühakojaks ümber endise raudteelaste klubi.

Koguduses teeninud vaimulikud:
28.03.1896-01.04.1919 Karklin Pavel - oli koguduse esimene preester
Tretjakov Nikolai 28.01.1920-
Melts Joann 1923-01.12.1940; 10.09.1941-15.01.1942; 02.11.1944-01.10.1951
Raag Nikolai 15.01.-01.06.1942
Tints Karp 01.06.1942-1944
Sarv Jakob (Laatsar) 01.01.-25.10.1951 (?) munkpreester
Kiirats Jakob 24.12.1951-11.08.1954 kogudust hooldav preester
Randvere-Rõbakov Joann - Valga Püha Issidori koguduse ees-seisja
Savin Valentin 28.08.1954-29.04.1994
Kozakevitš Rostislav

Koguduses teeninud diakonid:
Sokolov Aleksander 01.07.1896-1900 - oli koguduse esimene diakon
Polulihhov Dimitri 17.03.1899-17.03.1901
Lapin Nikolai 1908-1918
Peeter Priimägi 1964-1966